Щучинский район занимает свыше 1,9 тыс. кв. км. или 7,6 % от общей площади Гродненской области. Около 36,6 % или 69,8 тыс. га территории занимают леса, сельскохозяйственные угодья – 100,1 тыс. га или 52,5 %. В структуре землепользования за последние 20 лет отмечаются уменьшение площади сельскохозяйственных предприятий, рост площади лесохозяйственных предприятий, рост площади территорий природоохранного, рекреационного, историко-культурного назначения и земель общего пользования в населенных пунктах.
На территории района находится 30 озер и прудов (площадь 2,9 тыс. га.), 144 речки и ручья протяженностью 861,4 км. Результаты наблюдений за состоянием рек и водоемов свидетельствуют о том, что качество поверхностных вод в последние годы остается стабильным и имеет тенденции к улучшению. Общая площадь водоохранных зон составляет 75,7 тыс. га., в том числе площадь водоохранных зон малых рек 69,5 тыс. га. Площадь прибрежных полос рек и водоемов 7,3 тыс. га. Из полезных ископаемых имеется известь, песок, торф и глина.
Флора Беларуси весьма разнообразна и насчитывает около 11500 видов. Важную роль в сохранении объектов растительного мира играет Красная книга РБ. В последнее издание включено 173 вида растений, 27 – мохообразных, 21 вид водорослей, 24 – лишайника, 29 – видов грибов. В Щучинском районе из растений, занесенных в Красную книгу, встречаются кубышка малая, кувшинка белая, ветреница лесная, живокость высокая, простел луговой, плющ обыкновенный, омела австрийская, валериана двудомная, сон-трава, черемша, арника черная, колокольчик персиколистный и т.д.
Национальным богатством Беларуси и одним из основных природных ресурсов является лес. Он определяет качество жизни, а в глобальном масштабе выживание людей на планете. Наибольшее распространение в районе имеют хвойные леса, занимающие около 60,9 % всей лесопокрытой территории, затем идут мелколиственные – 24,3 %, наименьшее – широколиственные – 4,2 %. Хвойные леса представлены сосновыми (48,4 %) и еловыми (12,5 %) формациями, мелколиственные – березовыми (11,7 %), ольховыми (11 %) и осиновыми (1,6 %), широколиственные – дубовыми (3,3 %), ясеневыми, грабовыми, липовыми и кленовыми. На долю мелколиственных коренных лесов на болотах, в водоохранных зонах и прибрежных полосах приходится около 10,6 % лесопокрытой территории.
Животный мир Беларуси представлен 457 видами позвоночных, из них 74 вида млекопитающих, 305 – птиц, 7 – пресмыкающихся, 12 – амфибий, 59 – рыб. Беспозвоночные животные представлены более чем 20 тыс. видами. В Красную книгу Республики Беларусь включено 182 вида животных. В Щучинском районе из животных, занесенных в Красную книгу, обитают барсук, филин, черный аист гоголь, лебедь-шипун, пустельга, серый сорокопут, малый подорлик, из рыб – усач, ручьевая форель, сырть и др.
Благодаря географическому положению, климатическим условиям и наличию на территории крупных лесных массивов, республика располагает значительными охотничьими ресурсами. К категории ресурсных охотничьих видов относят 31 вид птиц и 20 видов млекопитающих. Наиболее важное значение как объекты охоты из млекопитающих имеют лось, кабан, косуля, олень, бобр, ондатра и др. Среди птиц к основным охотничьим видам относят группу водоплавающих (кряква, чирок-трескунок, чирок-свистунок, красноголовая чернеть и др.) и боровой дичи (глухарь, тетерев, рябчик). В Щучинском районе наиболее широко представлены следующие охотничьи животные: лось, косуля европейская, кабан, заяц-русак, заяц-беляк, белка, волк, лисица, куница лесная, куница каменная, хорь лесной, горностай.
В Щучинском районе общее количество особо охраняемых территорий - 27, площадью 15,2 тыс.га (заказники, заповедники и памятники природы), в том числе 3 заказника республиканского значения – ландшафтные заказники «Котра» ( площадь 10,4 тыс. га), «Липичанская пуща» (площадь 1,7 тыс. га) и «Озеры» (площадь – 2,0 тыс. га).