Республиканский ландшафтный заказник «Котра» образован в 2003 году с целью сохранения ценных ландшафтов и растительных сообществ, образующих единый природный комплекс с заповедником «Чапкеляй» Литовской Республики. Оба охраняемых природных объекта имеют статус водно-болотного угодья международного значения в соответствии с Рамсарской конвенцией, а вместе они образуют трансграничное водно-болотное угодье.
Ежегодно специалистами заказника проводятся мероприятия по соблюдению режима охраны и использования заказника, в том числе совместно с районной инспекцией природных ресурсов и охраны окружающей среды, с Щучинским РОВД и с погранкомитетом.
С целью обсуждения вопросов соблюдения режима охраны и использования заказника регулярно проводятся встречи с землепользователями, местным населением.
На территории заказника ЗАПРЕЩАЕТСЯ:
сплошные рубки главного пользования;
проведение работ, связанных с изменением естественного ландшафта и существующего гидрологического режима;
размещение отходов производства и потребления;
повреждение и уничтожение древесно-кустарниковой растительности, нарушение естественного почвенного покрова за исключение лесохозяйственной деятельности, выжигание сухой растительности (палы), выпас скота в лесу;
сброс неочищенных сточных вод. отходов производства и потребления в водотеки и водоемы;
установка палаток, разбивка туристический лагерей, разведение костров, стоянка автомобилей в местах, не предназначенных для этих целей, движение механизированного транспорта вне дорог, кроме машин выполняющих сельскохозяйственные и лесохозяйственные работы;
авиаобработка сельскохозяйственных и лесных земель.